Сезон игр 2009 года получился для питерского «Зенита» неоднозначным – старт не задался, а по ходу сезона в отставку отправили главного тренера всех предыдущих побед Дика Адвокаата. Но, несмотря на это, клуб, выдав блистательную серию матчей под руководством Анатолия Давыдова, сумела взойти на победный пьедестал. А вместе с этим и завоевала путевку в Лигу чемпионов.

Перед началом бронзового сезона Вячеслав Малафеев заключил контракт с командой на 5 лет. Подписание этого контракта стало главным событием этой весны в Петербурге.

В результате Малафеев провел за команду 35 матча, пропуская менее одного мяча за 1 игру, и заслуженно получил звание одного из главных творцов бронзы2009. В решающей игре за третьи бронзовые награды в истории команды на счету Малафеева сразу несколько отражённых выходов один на один.