Вячеслав Малафеев родился 4 марта 1979 года в сегодняшнем Петербурге. Когда он достиг девятилетнего возраста, он поступил в футбольную школу «Смена», осуществив свою детскую мечту. Его тренерами стали В. П. Савин и В. В. Вильде. Окончил «Смену» Вячеслав в 1997 году, его сразу же пригласили во вторую команду Питерской команды «Зенит».

Дебют Малафеева состоялся на матче против владикавказской «Алании» после того, как за оскорбление в адрес судейской команды был удален Роман Березовский. Но, воспользоваться подвернувшейся возможностью он не смог. Но, тем не менее, именно этот момент стал для Вячеслава решающим в футболе. Далее его пригласили в олимпийскую сборную по футболу, за которую он сыграл против Армении 4 сентября 1999 года.

В 2001 году Вячеслав получил свою первую медаль – «Зенит», он стал бронзовым призером чемпионата России.

В 2003 году Вячеслав Малафеев совместно с ФК «Зенит» занял второе место в чемпионате, за что получил Приз – «Вратарь года» имени Л. Яшина, а также попал 33 лучших футболистов чемпионата страны. Два равноценных вратаря ФК «Зенит» - Чонтофальски и Малафеев постоянно соперничали, пытаясь занять место в основном составе. Но, в 2005 году, Вячеславу Малафееву не повезло: в кубковом матче против ЦСКА его удалили, после чего он надолго стал вторым вратарем. В свою очередь, Чонтофальски удалили с футбольного поля в матче кубка УЕФА против Русенборга, а Малафеев сыграл в том году 36 игр, пропустил в них 30 мячей и вновь попадает в список 33 лучших футболистов чемпионата.

Следующий год был охарактеризован годом не очень удачным для футбольного клуба. Малафеев сыграл 24 игры, пропусти 27 мячей, был награжден золотыми медалями чемпионата и стал «вратарем года».